Удаляем нужную строку из файла: 

<?

$line="1"; # строка, которую нужно удалить

$file=file("my_file.txt");

$open=fopen("my_file.txt","w");

   for($i=0;$i<count($file);$i++)

   {

      if(($i+1)!=$line){fwrite($open,$file[$i]);}

   }

fclose($open); 

?>