Поскольку они являются частью среды, их конфигурирует среда плэтому файлы php.ini и httpd.conf игнорируются. очевидно среда передает параметры иначе (возможно через командную строку или еще как) в момент когда вы выполняете проект. для этого она использует шаблоны: файлы httpd.template.conf и php.template.ini. соответственно если хотите чтото изменить в работе apache и php надо менять в них (кто не верит удалите эти файлы и попробуйте запустить проект из среды(!) и посмотрите что получится).

Касательно кодировок:

httpd.template.conf:

строку AddDefaultCharset iso-8859-1 меняем на AddDefaultCharset %CHARSET%

потом идем в Tools-Options->PHP->Default Charset и ставим то что надо.

если хотите полного прядка то можете в php.template.ini строку default_charset = "%CHARSET%" раскомментировать.

Источник: http://forum.sources.ru/index.php?showtopic=174273&st=210